W 1407 papież Grzegorz XII przydzielił kanonikom z Fregionaia kolejny dom zakonny w Rimini, a w 1408 nadał im zorganizowaną formę, oficjalnie erygując Kongregację Kanoników Regularnych z Fregionaia. W ciągu następnej dekady liczba ich domów zwiększyła się do siedmiu, a w 1420 wchłonęli oni znacznie starszą kongregację kanoników regularnych S. Maria in Portu z Rawenny, która liczyła wówczas sześć domów zakonnych (S. Maria in Portu oraz pięć dependencji).
Rozrost kongregacji spowodował, że formy organizacyjne nadane w 1408 przez Grzegorza XII okazały się niewystarczające. 30 czerwca 1421 papież Marcin V zreorganizował Kongregację Fregionaia, obligując ją do zwoływania kapituły generalnej oraz wyboru przełożonego generalnego.
W 1431 nowym papieżem został Eugeniusz IV, poprzednio kanonik regularny w S. Giorgio in Alga. Od początku pontyfikatu dążył on do osadzenia kanoników z Fregionaia w bazylice laterańskiej, nad którą kontrolę po usunięciu kanoników regularnych św. Frygidiana w 1299 sprawowali świeccy kanonicy. Plan ten udało się zrealizować w 1439, jednak kanonicy z Fregionaia zostali w Rzymie chłodno przyjęci i zaledwie rok później zmuszono ich do opuszczenia bazyliki. Papież nie dał jednak za wygraną i w 1444 sprowadził ich ponownie na Lateran, tym razem w znacznie liczniejszej grupie (50 kanoników wobec 30 w roku 1439).