Wytwarzana przez komórki tuczne, makrofagi i komórki śródbłonka naczyń, działa szybko, lecz krótkotrwale.
Heparyna jest stosowana jako lek przeciwzakrzepowy zapobiegając tworzeniu się skrzeplin, standardowo stosowany u chorych poddawanych zabiegom chirurgicznym i unieruchomionym z powodu choroby, w żylnej chorobie zakrzepowo-zatorowej, ostrych zespołach wieńcowych. Stosuje się preparaty heparyny niefrakcjonowanej (podawanej dożylnie lub podskórnie) oraz heparyny drobnocząsteczkowej (stosowanej podskórnie). Zaobserwowano, że u 1-3% chorych dochodzi do reakcji immunologicznej organizmu, polegającej na produkcji przeciwciał przeciw trombocytom. Skutkiem tego jest zmniejszenie liczby trombocytów w osoczu, co prowadzi do ich aktywacji i paradoksalnego powstawania skrzeplin.
Przeciwwskazania do stosowania heparyny Bezwzględne skazy krwotoczne objawy krwawienia z przewodu pokarmowego, choroba przewodu pokarmowego obarczona dużym ryzykiem krwawienia objawowe nadciśnienie wrotne rozwarstwienie aorty