Upamiętnienie 22 września 1947 podczas ekshumacji grobów w Lesie Gdańskim, odnaleziono zwłoki 78 osób, z których 11 zidentyfikowano, w tym zwłoki ks. Wagnera. 1 października 1947 odprawiono uroczyste nabożeństwo żałobne za śp. ks. Wagnera, a jego zwłoki pochowano na bydgoskim Cmentarzu Bohaterów na Wzgórzu Wolności. Zapamiętano go jako pocieszyciela dręczonych. Jego nazwisko znajduje się na tablicy pamiątkowej, poświęconej księżom misjonarzom zamordowanym w okresie okupacji niemieckiej, umieszczonej w bazylice św. Wincentego a Paulo w Bydgoszczy.
Proces beatyfikacyjny Jest jednym z 122 Sług Bożych, wobec których 17 września 2003 rozpoczął się proces beatyfikacyjny drugiej grupy polskich męczenników z okresu II wojny światowej.
Zobacz też 108 błogosławionych męczenników słudzy Boży II procesu beatyfikacyjnego drugiej grupy polskich męczenników z okresu II wojny światowej modlitwa za wstawiennictwem świętego Zgromadzenie Misji Bazylika św. Wincentego à Paulo w Bydgoszczy Parafia św. Wincentego à Paulo w Bydgoszczy Struktury wyznaniowe w Bydgoszczy
Bibliografia Błażejewski Stanisław, Kutta Janusz, Romaniuk Marek: Bydgoski Słownik Biograficzny. Tom IV. Bydgoszcz 1997. , str.