Podczas drugiej wojny światowej mieszkańcy Timoru Wschodniego walczyli po stronie australijskiej w wojnie partyzanckiej przeciwko Japonii, która okupowała wyspę Timor od 20 lutego 1942 do 1945 Po rewolucji goździków Portugalczycy opuścili Timor Wschodni w 1975.
Okupacja przez Indonezję
Gdy Portugalczycy dali prawo swoim koloniom do samostanowienia, wówczas jeszcze w Timorze Portugalskim istniały dwie główne frakcje. Pierwsza – Demokratyczna Unia Timoru (União Democrática Timorense, w skrócie UDT) – finansowo wspierana przez Indonezję opowiadała się za tym, aby utrzymać z nią bliskie związki oraz druga – opozycyjny Rewolucyjny Front Niepodległości Timoru (Frente Revolucionária de Timor-Leste Independente, w skrócie FRETILIN), dążący do całkowitej niepodległości. W wyniku różnic pomiędzy dalszą wizją kraju doszło do dwumiesięcznej wojny domowej, sprowokowanej przez fałszywe informacje rozpowszechniane przez IndonezjęTarczyński Piotr, Operacja Lotos, w: Polityka, nr 50, 9 grudnia 2015, s. 62–64.. Istniejąca jeszcze administracja portugalska nie potrafiła opanować sytuacji i wycofała się wraz z gubernatorem na wyspę Atauro. Wojnę domową wygrały oddziały FRETILINu, jednak nasilająca się agresja ze strony Indonezji nie pozwalała na uspokojenie nastrojów.