Nie było jej też 7 grudnia 1975, gdy kilkanaście godzin po wizycie Geralda Forda w Dżakarcie armia indonezyjska rozpoczęła inwazję na wyspę. Stolica Timoru padła tego samego dnia, pozostałe miasta do końca roku. Partyzanci z FRETILIN wycofali się w góry prowadząc wojnę partyzancką. Panowanie indonezyjskie zaznaczyło się całym pasmem zbrodni: na ulicach dochodziło do masowych egzekucji, również ludności cywilnej, wymordowano mniejszość chińską. Kiedy zginął kolejny australijski dziennikarz, szukający śladów zaginionych kolegów, Australia również nie wyraziła zainteresowania jego losem.

W 1976 roku Timor oficjalnie włączono do Indonezji jako prowincję. Prowadzona przez Dżakartę polityka wynaradawiania oznaczała m.in. przymusowe sterylizacje i odbieranie dzieci rdzennych Timorczyków. Dopiero pod koniec lat 90. XX wieku sytuacja zaczęła się zmieniać. W 1996 liderzy ruchu niepodległościowego biskup Dili Carlos Felipe Ximenes Belo oraz José Ramos-Horta zostali laureatami Pokojowej Nagrody Nobla. W wyniku podpisanego 5 maja 1999 porozumienia indonezyjsko-portugalskiego, 30 sierpnia 1999 odbyło się referendum niepodległościowe, w którym 78,5% mieszkańców opowiedziało się za niepodległością.