14 kwietnia 2002 przeprowadzono pierwsze wybory prezydenckie, w których brali udział: bohater ruchu niepodległościowego Xanana Gusmao i prezydent z 1975 roku – Francisco Xavier do Amaral. Większością ponad 82% głosów zwyciężył ten pierwszy. Amaral wystartował, według jego własnych słów, jedynie w celu dania ludziom możliwości wyboru. Kampania przebiegła niezwykle spokojnie i zwycięstwo Gusmao było od początku pewne. 20 maja o północy Timor Wschodni odzyskał pełną niepodległość. W ceremonii przekazania funkcji nowo wybranym władzom uczestniczyli m.in. były prezydent USA Bill Clinton, prezydent Indonezji Megawati Sukarnoputri, sekretarz generalny ONZ Kofi Annan, prezydent Portugalii Jorge Sampaio, premier Portugalii José Manuel Durão Barroso oraz były premier Portugalii António Guterres. W wyniku okupacji Timoru Wschodniego przez Indonezję w latach 1976–1999 zginęło ponad 100 tysięcy osób, według innych szacunków nawet 1/3 ludności. Nikt z władz Indonezji nie poniósł nigdy prawnych konsekwencji zbrodni poczynionych na Timorczykach.