Prawdopodobnie w wyniku trzęsienia ziemi i pod wpływem ciśnienia wody pokrywa systemu jaskiniowego załamała się i tak utworzył się lej krasowy, który znamy do dziś.
Prawie pionowe ściany opadają na głębokość mniej więcej 35 metrów, gdzie studnia się rozszerza w ogromną salę z wielkimi stalaktytami, niektóre mają długość aż 15 m. Dno sali znajduje się na głębokości 124 m. Turyści nurkują zwykle do stropu sali – na głębokość około 35 m.
Podwodna widoczność przekracza 60 metrów. Przejrzyste wody wokół pierścienia rafy świetnie się nadają do nurkowania z rurką„Wiedza i Życie” nr 6/2001 Mirosław Rutkowski Błękitne Studnienationalgeographic.comJacques-Yves Coust Galapagos - Titicaca - The Blue Holes, wyd. Cassell, London 1973. Można się tam udać na całodniową wyprawę, które są organizowane z Belize City, z wyspy Ambergris Caye lub Long Caye.
W Great Blue Hole można spotkać ryby rafowe, barakudy oraz różne gatunki rekinów (jak np. żarłacz tępogłowy).
Badania Cousteau Rozsławił ją francuski oceanograf Jacques-Yves Cousteau, który w 1971 roku jako pierwszy ją badał, wpływając do niej