W latach 1986–1994 piastował mandat w Izbie Deputowanych, niższej izbie brazylijskiego parlamentu. Od 1994 do 2002 zasiadał w Senacie z ramienia Partii Socjaldemokratycznej Brazylii (PSDB, Partido da Social Democracia Brasileira). Zyskał popularność w czasie prezydentury Fernanda Henrique Cardoso (1994-2002). W jego gabinecie w latach 1995–1996 zajmował stanowisko ministra planowania i budżetu, a następnie od 1998 do 2002 ministra zdrowia. Jako minister zdrowia, wprowadził powszechny program leczenia osób z wirusem HIV i AIDS. Wprowadził zakaz reklamy wszelkich form wyrobów tytoniowych oraz nakaz informacji o szkodliwości palenia tytoniu na opakowaniach wyrobów tytoniowych. Powołał również niezależną agencję ds. zdrowia, „Anvisa”, w skład której weszli profesjonaliści z branży medycznej.

W październiku 2002 jako kandydat Brazylijskiej Partii Socjaldemokratycznej oraz Brazylijskiego Ruchu Demokratycznego wziął udział w wyborach prezydenckich. W pierwszej turze głosowania zdobył 23,2% głosów i zajął drugie miejsce.