W 1985 objął stanowisko profesora nadzwyczajnego IH PAN, a w 1991 stanowisko profesora zwyczajnego i kierownika Pracowni Dziejów Polski po 1945 roku, którą kierował do 2010. W 1998 był wykładowcą (ang. visiting fellow) w Instytucie Nauk o Człowieku w Wiedniu. Przebywał na stypendiach naukowych w Niemczech (m.in. stypendium Fundacji Humboldta), Francji i Belgii.
W pracy naukowej zajmował się historią XX wieku. Był badaczem dziejów okupacji niemieckiej i ruchu oporu podczas II wojny światowej oraz życia codziennego w okupowanej Warszawie i innych stolicach Europy zajętych przez III Rzeszę. Zajmował się także problemem narodowych stereotypów oraz karykaturą jako źródłem historycznym.
W latach 2006–2018 zasiadał w Radzie Naukowej Centrum Badań Historycznych Polskiej Akademii Nauk w Berlinie, a w latach 2009–2017 w Kolegium Programowym Muzeum II Wojny Światowej w Gdańsku. W latach 2013–2020 był członkiem Rady Ochrony Pamięci Walk i Męczeństwa. Od 2016 roku był członkiem Rady Naukowej Polskiego Słownika Biograficznego, a od 2024 roku Rady Muzeum przy Muzeum Historii Polski w Warszawie.
W latach 1996–2023 przewodniczył jury Nagrody „Klio” Wydawców Książki Historycznej, a w latach 2010–2024 Nagrody im. Tomasza Strzembosza. Uczestniczył także w pracach jury Nagrody im.