Malmsteen nawiązał współpracę z Davidem Rosenthalem, który utworzył transkrypcje partii orkiestry oraz nagrał wstępną ich wersje za pomocą syntezatora. Po dograniu partii gitary, Malmsteen stwierdził, że wszystko brzmi doskonale i rozpoczął poszukiwania dyrygenta oraz orkiestry. Spotkał Yoela Leviego, który był dyrygentem Atlanta Symphony Orchestra i w czerwcu 1997 roku z Czeską Filharmonią nagrali razem w Pradze sekcje orkiestry. Po powrocie do Miami, zostały dograne partie gitary i w lutym 1998 ukazał się album Concerto Suite For Electric Guitar and Orchestra in Eb Minor Op. 1.
W miesiąc później, 6 marca, żona Yngwiego, April, urodziła syna, któremu dali imię Antonio (na cześć Antonia Vivaldiego). W następnych latach Malmsteen kontynuował nagrywanie płyt. Kolejnymi albumami były Alchemy (1999), War to End All Wars (2000) oraz Attack!! (2002).
XXI wiek W 2003 roku wyruszył w trasę koncertową G3 wraz z Joem Satrianim i Steve'em Vaiem. Trasa zaowocowała albumem koncertowym oraz DVD.