W 1986 obronił pracę doktorską Interpretacja dziejów Izraela w Ez 16,20 i 23 oraz jej reinterpretacja w Septuagincie i w Targumie. W 1987 został wykładowcą na Akademii Teologii Katolickiej, a w 1988 otrzymał zwolnienie z obowiązków wikariusza, pozostając od tego czasu księdzem-rezydentem. 30 września 1996 uzyskał stopień doktora habilitowanego w zakresie nauk teologicznych, specjalność: biblistyka na podstawie rozprawy habilitacyjnej Ogród Eden – zapoznane świadectwo asyryjskiej diaspory. 1 maja 1998 został profesorem nadzwyczajnym i kierownikiem katedry egzegezy Starego Testamentu na ATK, a w latach 1999–2002 prorektorem nowo powstałego Uniwersytetu Kardynała Stefana Wyszyńskiego. W 2001 rozpoczął równoległe pracę na nowo powstałym wydziale teologicznym Uniwersytetu Mikołaja Kopernika w Toruniu. W 2003 otrzymał tytuł profesora zwyczajnego.