Proboszcz w Mogilnie Niechęć władz pruskich do działalności ks. Wawrzyniaka sprawiła, że mógł objąć stanowisko proboszcza dopiero po 26 latach pracy jako wikariusz. 22 grudnia 1898 r. został proboszczem parafii św. Jakuba wraz z kościołem przyklasztornym św. Jana w Mogilnie. Częściowo z własnych funduszy odnowił kościół św. Jana i św. Jakuba, wybudował kaplicę Najświętszego Serca Jezusa, rozbudował plebanię. Duże zaangażowanie w pracę społeczną i częste podróże sprawiły jednak, że w swojej parafii przebywał tylko w niedziele i święta, na co dzień zastępował go ks. Mieczysław Brodowski.
Działalność społeczna i polityczna thumb|200px|Tablica pamiątkowa na kościele Najświętszego Serca Jezusa i św. Floriana w Poznaniu thumb|200px|Mauzoleum ks. Piotra Wawrzyniaka na cmentarzu parafialnym w Mogilnie Od samego początku działalność ks. Wawrzyniaka daleko wykraczała poza zwykłe obowiązki duszpasterskie. Już w 1873 r. stanął na czele Towarzystwa Przemysłowego św. Wojciecha w Śremie (przewodniczył mu przez 26 lat, do 1899 r.), później przez cały rok (1900) był kuratorem Towarzystwa Przemysłowego w Mogilnie. Korzystając z pomocy ks. Augustyna Szamarzewskiego zreorganizował lokalną Kasę Oszczędności i Pożyczek w Śremie w Bank Ludowy oparty na nowoczesnych zasadach spółdzielczości.