Uniwersytet funkcjonował jednak tylko przez trzy lata, a przyczyn jego upadku było kilka. Książę Fryderyk II Legnicki uznał, że TurcyW tym czasie państwo tureckie zdobywało nowe terytoria w środkowej Europie, zajmując min. Węgry. stanowią niebezpieczeństwo dla jego włości, w związku z czym zaczął przeznaczać swoje nadwyżki finansowe na przygotowania książęcych miast do ewentualnej obrony przed tureckim zagrożeniem. Środki pieniężne, które dotychczas zasilały kasę Uniwersytetu i pozwalały mu się rozwijać, przestały napływać. Co ważne, Kościół katolicki nie godził się na partycypowanie w kosztach utrzymania uniwersytetu, odmawiając przekazywania na rzecz uczelni części swoich dochodów z dóbr kościelnychZob. Legnica. Zarys monografii miasta, red. Stanisław Dąbrowski, Wrocław-Legnica 1998, s. 150–151.. Prócz problemów finansowym, bardzo negatywnie na legnickiej uczelni odbił się konflikt ideologiczny istniejący pomiędzy profesorami. Część z nich, w tym Trotzendorf reprezentowali skrzydło umiarkowane, konserwatywne, podczas gdy Schwenkfeld wraz z Krautwaldem byli zagorzałymi zwolennikami skrzydła radykalnego, postępowego (anabaptyzmu). Ostatecznie wielkim problemem był zaraza, która w 1527 r.