10 dni później III Rzesza i faszystowskie Włochy wypowiedziały wojnę Stanom Zjednoczonym i wiza została anulowana przez Hawanę.
W czerwcu 1942 roku, z powodu groźby wywiezienia Margot do obozu pracy przymusowej, Frank ukrył rodzinę na poddaszu oficyny należącej do jego fabryki w Amsterdamie, przy Prinsengracht. Dwa tygodnie później dołączyli do nich Hermann van Pels, jego żona i ich syn Peter van Pels, zaś w listopadzie tego roku jeszcze Fritz Pfeffer. Przez 25 miesięcy opiekowali się nimi Johannes Kleiman, Miep Gies, Victor Kugler i Bep Voskuijl. Po anonimowym ujawnieniu kryjówki cała ósemka oraz Kugler i Kleiman została aresztowana przez oficera SS Karla Silberbauera i osadzona w amsterdamskim więzieniu. Żydowskich więźniów wysłano do obozu Westerbork, a następnie do niemieckiego obozu koncentracyjnego Auschwitz-Birkenau, gdzie Otto Frank został rozdzielony z żoną i córkami. Umieszczono go w obozie dla mężczyzn, następnie trafił do baraku dla chorych. 27 stycznia 1945 uwolniła go Armia Czerwona.