Okazem typowym była czaszka i kawałek fiszbinu dorosłej samicy (numer katalogowy USNM 12177) zebrana w październiku 1870 roku przez Scammona.

Chociaż wiadomo, że różne populacje płetwali karłowatych występują w różnych basenach oceanicznych, do lat 90. XX wieku oficjalnie uznawano tylko jeden, kosmopolityczny gatunek. W przeglądzie taksonomicznym z 1998 roku wykazano, że populacja większych osobników B. acutorostrata żyjąca w regionach położonych na dużych szerokościach geograficznych Oceanu Południowego powinna zostać oddzielona na podstawie danych genetycznych i morfologicznych, i przypisana do B. bonaerensis, których osobniki są wyraźnie większe niż B. acutorostrata i ogólnie sympatryczne z nienazwaną formą na półkuli południowej. Autorzy Illustrated Checklist of the Mammals of the World rozpoznają dwa podgatunki.

Etymologia Balaenoptera: rodzaj Balaena (wal); pteron „płetwa”. acutorostrata: „ostro zakończony”, od acuere „wyostrzyć do punktu”; rostratus „dziobaty, wielkodzioby”, od rostrum „dziób”. scammoni: Charles Melville Scammon (1825–1911), amerykański wielorybnik, przyrodnik i pisarz.