Imigranci byli ukrywani przed poszukującymi ich brytyjskimi żołnierzami i policjantami (Mandat Palestyny).
Podczas wojny domowej w Palestynie kibuc był wielokrotnie atakowany przez uzbrojonych mieszkańców pobliskich wiosek, których wspierali członkowie egipskiego stowarzyszenia paramilitarnego Braci Muzułmańskich. Ostatecznie kibuc znalazł się w oblężeniu, a wszystkie drogi prowadzące do niego zostały odcięte. W marcu 1948 do Niccanim udało się przedrzeć konwojowi Hagany z Be’er Towijji. Jednak w drodze powrotnej konwój został zaatakowany i zginął jego dowódca, Szlomo Rubinstein. W dniach 26 marca i 20 kwietnia doszło do dwóch silnych arabskich ataków na kibuc. Zostały one odparte przez jego mieszkańców.
W obliczu nadchodzącej wojny, mieszkańcy kibucu ufortyfikowali swoją osadę. W odległości 2 km na północny wschód znajdowało się Wzgórze 69, na którym umiejscowiono punkt obserwacyjny. Na samym początku wojny o niepodległość przeprowadzono ewakuację dzieci i kobiet z Niccanim (w nocy z 16 na 17 maja). W następnych dniach na froncie południowym doszło do serii bitew, z których najsłynniejszą była bitwa o kibuc Jad Mordechaj (19-24 maja 1948). Popołudniem 29 maja punkt obserwacyjny przy Niccanim zauważył marsz egipskiej kolumny zmechanizowanej drogą nadbrzeżną na północ. Raport mówił o około 2-3 tys.