Podczas II wojny światowej cmentarz pozostał w stanie nienaruszonym. Niemieckie władze okupacyjne planowały zlikwidowanie cmentarza. Po 1945 roku, w wyniku nieprzywrócenia gminy żydowskiej w Toruniu, cmentarz popadł w zapomnienie i degradację. Pomniki były kradzione. Według relacji mieszkańców Torunia, skradzione nagrobki posłużyły jako materiał na tablicę pamiątkową upamiętniającą Juliana Nowickiego (przekaz ten został zdementowany przez regionalistkę Katarzynę Kluczwajd). Po 1956 roku opiekę nad cmentarzem sprawował Zarząd Zieleni Miejskiej.
W 1966 roku zdecydowano się na likwidację cmentarza. Faktycznie cmentarz zlikwidowano w grudniu 1975 roku. W czasie likwidacji Pracownia Konserwacji Zabytków przeprowadziła inwentaryzację grobów. Obok kilkunastu bezimiennych grobów zachowały się nagrobki z inskrypcjami, głównie po hebrajsku i niemiecku. Zgodnie z wymogami religijnymi wszystkie miały ujednolicone wymiary. Najstarszy nagrobek pochodził z 1847 roku i upamiętniał Meira Gurmana. Opisano również nagrobki Karoliny Meir i Dawida Kojfmana z 1861 roku, Mosze Szlomo Kaliszera i Ernstine Rewaldt z lat 60. XIX wieku. Przeznaczone do zniszczenia nagrobki sfotografowano. Po 1975 roku, pomimo zagospodarowania terenu, deszcze wypłukiwały szczątki pochowanych.