Podczas wojny o niepodległość doszło tutaj do dwóch bitew o kibuc Negba (2 czerwca i 12 lipca 1948). W ciężkich walkach osada została prawie doszczętnie zniszczona, jednak obrońcy zdołali ją utrzymać. W następnych miesiącach kibuc służył jako baza wypadowa do operacji militarnych na pustyni Negew. Po wojnie osadę odbudowano. Na pamiątkę wojny pozostawiono podziurawioną wieżę ciśnień i egipski czołg M22 Locust. Obok cmentarza wojskowego w 1953 wystawiono pomnik ku czci poległych żołnierzy – obrońców kibucu.
W 1980 w kibucu zamieszkała grupa imigrantów z Argentyny, a następnie z krajów byłego ZSRR. Jak wiele innych kibuców, również i kibuc Negba borykał się na początku lat 80. XX wieku z trudnościami gospodarczymi, które wpłynęły na spadek liczby mieszkańców. Wymusiło to na zarządzie przeprowadzenie licznych zmian. Między innymi w 1980 przekształcono tutejszy dom dziecka w przedszkole. Początkowo był członkiem Ha-Kibuc Ha-Arci, a od 1999 przyłączył się do Ruchu Kibuców.