Tu została zapamiętana za swoją inteligencję, pilność oraz głęboką wiarę. Margot, podobnie jak matka, uczestniczyła w życiu amsterdamskiej społeczności żydowskiej. Studiowała język hebrajski, chodziła do synagogi, a w 1941 roku przystąpiła do młodzieżowego ruchu holenderskich syjonistów, których marzeniem było osiedlenie się w Izraelu i założenie państwa żydowskiego, gdzie, według Anne, Margot chciała zostać gospodynią domową.
5 lipca 1942 roku Margot otrzymała wezwanie do stawienia się w obozie pracy. Następnego dnia Frankowie ukryli się w specjalnie przygotowanych pomieszczeniach nad biurem Otto Franka. Do rodziny wkrótce dołączyła czwórka znajomych Żydów. Cała ósemka mieszkała tam przez ponad dwa lata, aż do zdrady ich miejsca pobytu w sierpniu 1944.
Margot, wraz z pozostałą siódemką, została aresztowana przez Gestapo, przetrzymana przez noc w ich kwaterze głównej, a następnie umieszczona na trzy dni w pobliskim więzieniu. 8 sierpnia przewieziono ich do obozu przejściowego Westerbork. Tam rodzina Franków, Hermann van Pels, Auguste van Pels, ich syn Peter van Pels oraz Fritz Pfeffer zostali uznani za kryminalistów przez urzędników obozu (brak odpowiedzi na wezwanie wysłane do Margot w 1942 roku oraz życie w ukryciu przez 2 lata) i skazani na ciężkie prace.