W 1940 roku Niemcy zaatakowali Holandię i wprowadzili politykę prześladowania Żydów. Dzieci Edith zostały usunięte ze swych szkół, a jej mąż musiał zrezygnować z prowadzenia interesów ze swoimi holenderskimi wspólnikami Johannesem Kleimanem i Victorem Kuglerem, którzy pomagali rodzinie podczas ich pobytu w kryjówce na poddaszu biura.
Rodzina Franków, ich sąsiedzi (Hermann van Pels, Auguste van Pels i Peter van Pels) oraz dentysta Miep Gies – Fritz Pfeffer) spędzili w kryjówce ponad dwa lata. Okres ten został uwieczniony w Dzienniku Anny Frank. 4 sierpnia 1944 adres ich kryjówki został anonimowo ujawniony Gestapo. Po areszcie w siedzibie Gestapo i trzydniowym pobycie w więzieniu, Edith wraz z pozostałą siódemką, z którą się ukrywała, zostali przewiezieni do niemieckiego obozu przejściowego Westerbork. Stamtąd 3 września 1944 zostali przewiezieni do obozu koncentracyjnego Auschwitz. Po dotarciu na miejsce Edith i jej córki oddzielono od męża. Edith wybrano do komory gazowej, a jej córki przetransportowano do obozu Bergen-Belsen. Edith Frank, wraz z przyjaciółką, zdołała uciec przed komorą gazową i ukryła się w innej części obozu, gdzie spędziła resztę życia.