Towarzystwo to wciąż było postrzegane jako organizacja zależna od macierzystej Academy of Fine Arts, przez którą jego członkowie czuli się zaniedbywani. Miała miejsce próba załagodzenia różnic i utrzymania jedności uczelni – chciano do grona dyrektorów Academy of Fine Arts powołać sześciu artystów należących do stowarzyszenia. Jednakże czterech spośród kandydatów nie zostało wybranych i nastąpił ostateczny rozłam. Powstała niezależna National Academy of Design.
thumb|left|National Academy of Design (1863-65), budynek towarzystwa wzorowany na Pałacu Dożów w Wenecji Stowarzyszenie kilkakrotnie zmieniało siedzibę. Jedną z nich była powstała w latach 1863–1865 budowla będąca mieszanką neogotyku i neorenesansu, wzorowana na weneckim Pałacu Dożów. Od 1942 roku Akademia mieści się (stan w 2008) w budynku przy Piątej Alei między Osiemdziesiątą Dziewiątą i Dziewięćdziesiątą Ulicą, w którym mieszkali wcześniej rzeźbiarka Anna Hyatt Huntington oraz Archer Milton Huntington.
Działalność Od 1826 r. organizowane są (zmieniane kilka razy w roku) wystawy i prowadzona jest działalność edukacyjna w ramach National Academy School of Fine Arts.