Zajęcie Kijowa przez bolszewików zmusiło Prüfferową do opuszczenia miasta. Późną jesienią 1918 roku wyjechała do Warszawy. Przez kolejny rok pracowała najpierw w szkole w Mokasie, a następnie w pruszkowskim Domu Sierot, prowadzonym przez Janusza Korczaka i Marię Falską. Pod koniec 1920 r. zamieszkała w Wilnie W 1921 r. rozpoczęła studia na Wydziale Humanistycznym Uniwersytetu Stefana Batorego (USB). Edukacja została przerwana z powodu gruźlicy, którą Prüfferowa leczyła w Zakopanem. Po ponad roku studiów na Wydziale Humanistycznym kontynuowała naukę na Wydziale Matematyczno-Przyrodniczym. Poznała tam swojego przyszłego męża prof. Jana Prüffera, wykładowcę zatrudnionego na tym wydziale od 1922, który przybył z Krakowa. 4 lutego 1925 roku zawarli ślub.
Praca na Uniwersytecie Wileńskim Maria Znamierowska-Prüfferowa jesienią 1926 roku podjęła studia na kierunku etnologia, powołanym 2 lata wcześniej staraniem prof. Cezarii Baudouin de Courtenay-Ehrenkreutzowej. W kolejnym roku akademickim rozpoczęła pracę w Muzeum Etnograficznym USB pod kierunkiem inicjatorki studiów etnologicznych. Zatrudniona była tam do 1939 r. Działalność na rzecz etnografii i muzealnictwu pozostała z nią do końca życia.