Ostatecznie, za zgodą FIFA, Subotić zadebiutował w serbskich barwach 28 marca 2009 roku w meczu przeciwko Rumunii w Konstancy. W 2010 roku został powołany na Mistrzostwa Świata.
Kariera klubowa Kariera juniorska Mieszkając w Bradenton, uczęszczał do Edison Academy Center oraz występował w klubie Manatee Magic. 6 marca 2006 roku Subotić został zawodnikiem South Florida Bulls, klubu University of South Florida. Grał wtedy na pozycji pomocnika.
FSV Mainz (2006–2008) W czasie meczu kadry USA U-17 w Holandii został dostrzeżony przez agenta piłkarskiego Steve’a Kelly, który zaproponował mu możliwość gry na kontynencie europejskim. Kelly, na sugestię ze strony Suboticia o chęci gry w Niemczech, zaaranżował mu trening w klubie FSV Mainz, gdzie grał już Conor Casey, jego podopieczny. Po pozytywnej recenzji swojej osoby, Subotić w lipcu 2006 roku został piłkarzem klubu z Moguncji.
W sezonie 2006/2007 występował w rezerwach klubu, które uczestniczyły w rozgrywkach Oberligi Südwest. Rozegrał w nich 23 mecze, w których zdobył 3 gole. W pierwszej drużynie 1. FSV Mainz 05 zadebiutował 19 maja 2007 w ostatnim meczu sezonu 2006/2007 przeciwko Bayernowi Monachium (2:5). Grał wtedy przez pełne 90 minut. FSV Mainz po sezonie 2006/07 spadło do 2.