W 1995 partia weszła w skład koalicji współtworzącej gabinet Tiita Vähiego. Opuściła ją jednak już w tym samym roku po zdymisjonowaniu Edgara Savisaara w związku z tzw. aferą podsłuchową z jego udziałem. Ponownie współrządziła w latach 2002–2003 (rząd Siima Kallasa wspólnie z Estońską Partią Reform) i w latach 2005–2007 (rząd Andrusa Ansipa, wspólnie z Estońską Partią Reform i Estońskim Związkiem Ludowym). Od 2007 ponownie pozostawała w opozycji. W 2016 partia współtworzyła nową koalicję rządową z socjaldemokratami i chadekami, w ramach której jej lider Jüri Ratas objął urząd premiera. Po wyborach w 2019 lider centrystów pozostał na czele rządu; partia utrzymała koalicję z ugrupowaniem Isamaa oraz porozumiała się z narodowo-konserwatywną EKRE.
W styczniu 2021 Jüri Ratas ustąpił z funkcji premiera. Estońska Partia Centrum pozostała ugrupowaniem rządzącym, zawiązując koalicję z Estońską Partią Reform i współtworząc rząd Kai Kallas. Koalicja ta rozpadła się w czerwcu 2022, kiedy to ministrowie z KE zostali odwołani.