27 marca 1998 r. wycofane zostały z uzbrojenia samoloty MiG-21 pfm, które były na uzbrojeniu od 1970.
W 1998 r. pułk zdobył na własność puchar dowódcy WLOP za osiągnięcia w dziedzinie bezpieczeństwa lotów.
W marcu 1999 r., po rozformowaniu 17 Eskadry Lotniczej z poznańskiej Ławicy, część jej personelu latającego i technicznego wraz ze śmigłowcami Mi-2 została włączona w skład 1 eskadry 3 plm.
W czerwcu 2000 r. pułk po raz ostatni uczestniczył w ćwiczeniu z wykonywaniem startów i lądowań na Drogowym Odcinku Lotniskowym Kliniska.
31 grudnia 2000 r. 3 Pułk Lotnictwa Myśliwskiego Poznań został rozformowanyRozkaz szefa Sztabu Generalnego WP nr 307 z 21 października 2000 roku. Na jego bazie powstała 3 Eskadra Lotnictwa Taktycznego i 31 Baza Lotnicza.
Tradycje Pułk kultywował tradycje: 2 i 4 Wielkopolskiej Eskadry Lotniczej (1919–1920) 13 i 15 eskadry myśliwskiej (1920-1925) 111 i 112 eskadry myśliwskiej (1925-1939) 131 i 132 eskadry myśliwskiej 3 Pułku Lotniczego (1928–1939), 2 Dywizjonu Myśliwskiego "Krakowsko-Poznańskiego" (1940) 302 Dywizjonu Myśliwskiego "Poznańskiego" (1940-1947)
Dowódca pułku płk dypl. pil. Antoni Masłowski (od 29 I 1993 – 2000)