Próby zagranicznej ekspansji zakończyły się porażką, a grupa zaczęła tracić również rynek polski. W latach 1997–2003 przechodziła kryzys. Kapitały własne WN PWN zmniejszyły się o 30 mln zł, a straty w grupie sięgały 80 mln. Inwestycja w OSDW Azymut okazała się również kosztowna: pochłonęła przeszło 50 mln zł. W 2000 PWN rozpoczął redukcję zatrudnienia przez zwolnienia grupowe. W 2001 odsprzedał swoje udziały w Wydawnictwach Prawniczych PWN (obecnie LexisNexis) i w Kossuth Publishing. W 2003 LCHG, które wcześniej kilkakrotnie przymierzało się do sprzedaży PWN-u, postanowiło jednak pozostać przy tej inwestycji i powiększyć zaangażowanie poprzez odkupienie akcji od części mniejszościowych akcjonariuszy, w tym od EBOiR i DBG.

W maju 2005 WN PWN nabyło informatyczne Wydawnictwo Mikom, a OSDW Azymut założył Agencję Wydawniczą „Sygnatura”, świadczącą usługi druku na żądanie (brak danych, czy spółka ta nadal istnieje i należy do grupy). W 2006 w skład grupy weszły: wydawnictwo Carta Blanca oraz SuperMemo World, w którym WN PWN objęło 50% udziałów. Kolejnym nabytkiem grupy została spółka Poleng.