W niecały rok po śmierci ojca, wiosną 1941 r., zdała przyspieszone egzaminy maturalne w X Litewskim Gimnazjum w Kownie.

W czasie okupacji sowieckiej, a następnie niemieckiej, włączyła się czynnie w działalność konspiracyjną, współpracując m.in. ze swoim bratem, Zbigniewem Skłodowskim, przywódcą Szarych Szeregów na Litwie. Organizowała kursy pierwszej pomocy, a od marca 1942 r. – po zaprzysiężeniu – była łączniczką w szeregach Armii Krajowej. Przyjmowała i dostarczała korespondencję, ukrywała kolegów i przechowywała broń. Używała pseudonimu „Irka”, choć miała i pseudonim „Róża”, o czym dowiedziała się już po wojnie od jej ówczesnego przełożonego, Mieczysława Bystrama – „Natana”. Po przejściu frontu, we wrześniu 1944 r., podjęła pracę w charakterze magazynierki w sowchozie w Żejmach, utworzonym z majątku hr. Kossakowskich. Wykorzystując stanowisko i doświadczenie konspiracyjne, mogła zaopatrzyć rozproszone jeszcze oddziały AK z terenów Wileńszczyzny w magazynowane tam zboże. W marcu 1945 r., po utworzeniu Urzędu Repatriacyjnego w Kiejdanach, zapisała się na wyjazd do Polski. Jesienią tego roku, zaraz po wyjściu za mąż za Stanisława Antonowicza, zdecydowała o wyjeździe do Polski, do Białej Podlaskiej, miejsca pochodzenia matki. W listopadzie 1945 r.