Podczas wojny domowej w Palestynie, pod koniec listopada 1947 Arabowie opanowali okoliczne wzgórza i zablokowali przebiegającą poniżej strategiczną drogę do Jerozolimy. 8 maja 1948 w Newe Ilan skoncentrowały się siły żydowskiej organizacji Hagana, które następnie przeprowadziły atak na pobliską arabską wioskę Sari. Przez cały ten czas znajdowała się tutaj jedna z baz oddziałów szturmowych Palmach. Podczas prowadzonych w okolicy walk, wokół kibucu Newe Ilan zainstalowano oświetlenie zasilane przez dostarczający prąd generator. W ten sposób podkreślono istnienie w tym miejscu żydowskiej osady, która walczyła o otworzenie drogi do Jerozolimy.
Na początku I wojny izraelsko-arabskiej w maju 1948 roku jordański Legion Arabski ostrzelał Newe Ilan, powodując duże straty materialne. Pomimo to, w 1949 nastąpiła rozbudowa kibucu, a do mieszkańców dołączyli nowi imigranci z Francji i Algierii. Osada przeżywała jednak poważne trudności gospodarcze, które wynikały w znacznej mierze z trudnego położenia w odciętym od państwa żydowskiego górzystym miejscu Judei. Uniemożliwiało to normalny rozwój i powodowało pogarszanie się warunków socjalnych. Z tego powodu w 1956 nastąpiło rozwiązanie kibucu, a jego mieszkańcy wyjechali.