W 2006 roku Bugajew znów został zawodnikiem Tomu Tomsk i już 17 marca wystąpił w pierwszej kolejce ligowej, w meczu przeciwko Torpedo Moskwa (2:1). W 2006 roku był z Tomem ósmy w lidze, a w 2007 – jedenasty. W 2008 roku przeszedł do FK Chimki, ale nie rozegrał tam żadnego spotkania. Z kolei w latach 2009–2010 grał w FK Krasnodar.
Sezon Klub Kraj Rozgrywki Mecze Bramki 2001 Torpedo Moskwa Priemjer-Liga 2 0 2001 Tom Tomsk Pierwyj diwizion 6 0 2002 Tom Tomsk Pierwyj diwizion 30 1 2003 Torpedo Moskwa Priemjer-Liga 28 2 2004 Torpedo Moskwa Priemjer-Liga 20 0 2005 Lokomotiw Moskwa Priemjer-Liga 14 0 2006 Tom Tomsk Priemjer-Liga 28 1 2007 Tom Tomsk Priemjer-Liga 17 0 2008 Tom Tomsk Priemjer-Liga 9 0 2008 FK Chimki Priemjer-Liga 0 0 2009 FK Krasnodar Pierwyj diwizion 13 0 2010 FK Krasnodar Pierwyj diwizion 6 0
Kariera reprezentacyjna W reprezentacji Rosji Bugajew zadebiutował 25 maja 2004 roku w zremisowanym 0:0 towarzyskim meczu z Austrią. W tym samym roku został powołany przez Gieorgija Jarcewa do kadry na Euro 2004. Tam zagrał we dwóch spotkaniach: przegranym 0:2 z Portugalią oraz wygranym 2:1 z Grecją.