Drużyna piłkarska zakładu Nawal została założona w Mikołajowie w roku 1920Ukraine - List of Foundation Dates - RSSSF. Od 1923 zespół reprezentował Stocznię im. Marty w Mikołajowie i nazywał się Marty-Badina. W 1925 zmienił nazwę na André Marty Mikołajów, a w 1926 na Rajkom Metalistiw (Metalist), jednak w 1928 wrócił do André Marty Mikołajów. Z rozpoczęciem rozgrywek Mistrzostw ZSRR w 1936 roku klub startował w rozgrywkach Pucharu ZSRR. Od 1937 klub nazywał się Sudnobudiwnyk Mikołajów (czyli budowniczy statków) i prezentował stocznię która wtedy też zmieniła nazwę na Statkobudowniczy Zakład im. Nosenko. W 1937 roku klub debiutował w rozgrywkach trzeciej grupy Mistrzostw ZSRR. W latach powojennych klub często zmieniał nazwy (Dynamo, Awanhard, Budiwelnyk).
Od 1992 roku, gdy wystartowała liga ukraińska klub z nową nazwą Ewis Mikołajów występował w Wyższej Lidze, ale zajął 9. miejsce i kolejne dwa sezony spędził w Pierwszej Lidze. W sezonach 1994/95 i 1995/96 klub z nową nazwą SK Mikołajów występował ponownie Wyższej Lidze. Potem z powrotem spada do Pierwszej Lihi. Jeszcze jeden sezon 1998/99 uczestniczył w rozgrywkach Wyższej Lihi. Potem klub występował tylko w Pierwszej Lidze z wyjątkiem sezonu 2005/06, gdy „zaliczył” Drugą Lihę, ale już z nową nazwą MFK Mikołajów.