SKOZK na mocy ustawy sejmowej jest dysponentem środków Narodowego Funduszu Rewaloryzacji Zabytków Krakowa (NFRZK) zasilanego środkami przekazywanymi z budżetu państwa za pośrednictwem Kancelarii Prezydenta RP na wniosek Prezydenta RP oraz z wpłat osób prywatnych. Obsługę finansową Narodowego Funduszu Rewaloryzacji Zabytków Krakowa zapewnia Małopolski Urząd Wojewódzki w Krakowie.
Patronat Prezydenta RP nad działalnością SKOZK Od 1990 r. SKOZK działa pod ustawowym patronatem urzędu Prezydenta RP. Patronat ten znajduje swój wyraz w zapewnianiu Komitetowi obsługi administracyjno-organizacyjnej przez Kancelarię Prezydenta RP oraz w przekazywaniu środków budżetowych na NFRZK. Środki przeznaczone na ratowanie zabytków Krakowa stanowią od lat istotną część budżetu Kancelarii Prezydenta RP. W 2005 r. nakłady budżetu państwa na ten cel wynosiły 30,5 mln, by w kolejnych latach znacząco wzrosnąć: w 2006 r. – 37,5 mln, 2007 r. – 45,5 mln, w latach 2008-2009 – 44,3 mln, w latach 2010–2012 – 42 mln złotych, w roku 2013 – 39,8 mln złotych.