Osiągnięcia Markwart cechował się niezwykłą szerokością zainteresowań i horyzontów intelektualnych, co widać w przeglądzie jego najważniejszych osiągnięć akademickich i publikacyjnych: Bez nauczyciela opanował filologię irańską w takim stopniu, że był w jej zakresie profesorem w Berlinie; Opublikował do dziś istotne komentarze do Starego Testamentu (Fundamente israelitischer und jüdischer Geschichte); Jest autorem proroczej wykładni starotureckich tekstów orchońskich (Historische Glossen zu den alttürkischen Inschriften), której tezę o znajomości manicheizmu w Kaganacie Starotureckim potwierdziły odnalezione 6 lat później fragmenty piśmiennictwa manichejskiego; Zrekonstruował system liczenia lat w kalendarzu starotureckim (Chronologie der alttürkischen Inschriften), dzięki czemu możliwa stała się korelacja datacji starotureckich z zapisami w annałach chińskich; Wydał z bogatymi komentarzami ormiańską kronikę historyczno-geograficzną Iranu (Erānšahr nach der Geographie des Ps. Moses Xorenac'i); Opracował źródła arabskojęzyczne pod kątem ich informacji o Europie Wschodniej i o Dalekim Wschodzie (Osteuropäische und ostasiatische Streifzüge).