Podczas rozgrywek 1999/2000 Petkow trafił do Grecji, gdzie został zawodnikiem AEK–u Ateny. W ekipie „Enosis” spędził niecałe 6 sezonów. W ich trakcie nie zawsze mógł liczyć na grę w wyjściowym składzie, jednak na boisku pojawiał się regularnie. W 2000 i 2002 roku Petkow razem ze swoją drużyną sięgnął po puchar kraju. Po zakończeniu sezonu 2005/2006 bułgarski pomocnik zdecydował się zmienić klub. Pozostał jednak w Atenach i podpisał kontrakt z Atromitosem. W 2 kolejnych sezonach zawodnik reprezentował już barwy Ilisiakosu.
Latem 2008 roku Petkow powrócił do kraju, gdzie został graczem Czerno More Warna.
Kariera reprezentacyjna W reprezentacji Bułgarii Petkow zadebiutował w 1997 roku. Następnie Christo Bonew powołał go kadry na Mistrzostwa Świata 1998. Na mundialu tym Bułgarzy zostali wyeliminowani już w rundzie grupowej, a sam Petkow nie rozegrał ani jednego spotkania. 6 lat później bułgarski piłkarz znalazł się w 23–osobowej kadrze Płamena Markowa na Euro 2004. Na turnieju tym Bułgarzy nie zdobyli żadnego punktu i ponownie zajęli ostatnie miejsce w swojej grupie. Na mistrzostwach Petkow wystąpił w 2 meczach. W pojedynku z Danią (0:2) w 81.