Nekropolia znajduje się na zachodnim zboczu Koziego Gródka, zwanego niegdyś Turold. Ma powierzchnię 19 180 m², a jej nieregularny kształt obrazuje kilkusetletnią historię. Całość otoczona jest wapienno-ceglanym (co jest typowe dla zabudowy Mikulova) murem, którego wysokość w niektórych miejscach sięga nawet 8 m.
Centralną i najważniejszą częścią kirkutu jest tzw. rabiński wzgórek (czes. rabínský vršek, niem. Rabbonimplatz). Jest to wzniesienie, na którym znajdują się najstarsze zachowane macewy z XVII w., a także groby rabinów (zarówno Mikulova, jak i całych Moraw) i ich rodzin oraz najbogatszych mieszkańców miasta.
W południowej części cmentarza w 1898 wybudowano według projektu wiedeńskiego architekta Maxa Fleischera neorenesansowy dom przedpogrzebowy, od którego w kierunku północnym wzdłuż muru biegnie tzw. droga wschodnia.
Najmłodsza część kirkutu, z okresu międzywojennego, znajduje się w części północnej, natomiast na zachodzie znajduje się grób węgierskich żydów z 1945. Obszar przy bramie wejściowej zajmuje kwatera dziecięca.