AEK Ateny W 1988 Bajević został trenerem AEK Ateny. W jego pierwszym sezonie pracy w tym klubie AEK Ateny zostało nieoczekiwanie mistrzem Alpha Ethniki dokonując tego po raz pierwszy od 10 lat i przełamując tym samym hegemonie Olimpiakosu i Panathinaikosu. Wraz z AEK dokonywał tego jeszcze 3-krotnie w latach 1992, 1993 i 1994.
Olympiakos SFP W 1996 roku Bajević podpisał kontrakt z Olympiakosem Pireus. W czasie, gdy był on managerem tego klubu Olimpiakos w 1997 odzyskał po 10 latach tytuł Mistrza Grecji, a następnie tryumfował w lidze przez kolejne trzy sezony. W 1999 roku Olimpiakos zdobył dublet oraz po raz pierwszy w historii dotarł do ćwierćfinału Ligi Mistrzów UEFA.
PAOK Saloniki Kolejnym przystankiem w jego trenerskiej karierze był PAOK FC, do którego trafił w 2000 roku. Z klubem tym w 2001 roku zdobył Puchar Grecji.
AEK Ateny W 2002 roku historia zatoczyła koło i Bajević po raz kolejny trafił na ławkę AEK Ateny. Tym razem nie wywalczył z tym zespołem żadnego trofeum, a na dodatek stracił poparcie fanów, którzy nie mogli wybaczyć mu pracy z Olympiakosem.