Jedną z cech wyróżniających Obszar Chronionego Krajobrazu Borów Niemodlińskich są wody – stawy hodowlane, gęsta sieć rowów melioracyjnych, mniejszych i większych, często bezimiennych cieków, będących dopływami Nysy Kłodzkiej, Ścinawy Niemodlińskiej, Białej i Prószkowskiego Potoku, zachowane starorzecza, stanowią dogodne środowiska rozwoju licznych fitocenoz wodnych – najpospolitszy z nich to zespół rzęsy drobnej i spirodeli wielokorzeniowej, notowany w całym szeregu płytkich zbiorników wodnych. Zdecydowanie rzadsze są zespoły salwinii pływającej, rogatka sztywnego oraz pływacza zwyczajnego. Stosunkowo nieźle zachowały się, szczególnie na stawach hodowlanych, zespoły lilii wodnych. Na terenie Obszaru Chronionego Krajobrazu Borów Niemodlińskich ocalał również unikatowy zespół kotewki orzecha wodnego.
Coraz rzadsze i zajmujące niewielkie powierzchnie są zespoły graniczące bezpośrednio z lustrem wody. Stosunkowo najczęstsze pośród nich są zespoły pałki szerokolistnej i trzciny pospolitej. Zespołem, który niegdyś zajmował rozleglejsze obszary, a dziś notowany jest nielicznie wzdłuż cieków wodnych, na obrzeżach starorzeczy i stawów są turzycowiska – pośród nich najczęściej spotykanym zespołem są mokre łąki turzycowe i szuwar turzycy błotnej.