Zaginął 16 stycznia 1980 roku po zdaniu egzaminu na prawo jazdy. Poszukiwania rozpoczęto po zgłoszeniu zaginięcia na milicję, ale komunikat o jego zaginięciu ukazał się w „Dzienniku Bałtyckim” dopiero 10 lutego 1980 roku. Równocześnie Lech Wałęsa o zaginięciu poinformował Jacka Kuronia i 13 lutego 1980 roku KSS KOR opublikował komunikat o zaginięciu współpracownika Komitetu Założycielskiego Wolnych Związków Zawodowych Wybrzeża, w którym przedstawiono sylwetkę Szczepańskiego jako działacza WZZ oraz okoliczności, w których po raz ostatni go widziano.
17 marca 1980 roku natrafiono na jego zwłoki (bardzo zmasakrowane) pływające w Motławie na wysokości stacji pomp przy Elektrociepłowni „Ołowianka”. Uważano (m.in. Lech Wałęsa, Bogdan Borusewicz), że Szczepański nie zginął śmiercią naturalną. Przypadkowe utonięcie, podawane przez prokuraturę jako przyczyna zgonu, uznawano za nieprawdopodobne, gdyż panował wtedy silny mróz, rzeka była pokryta grubym lodem, a statki nie kursowały. O wydarzeniu tym działacze KOR poinformowali dziennikarzy zachodnich (m.in. z agencji Reuter, ANSA, DPA, UPI). Szczepański pochowany został 25 marca 1980 roku na cmentarzu Łostowickim w dzielnicy Siedlce. W pogrzebie, mimo wielkiej aktywności SB i milicji, wzięło udział do dwóch tysięcy osób. Przemawiał Bogdan Borusewicz.