Staranne umożliwiło Niketasowi rozpoczęcie kariery w cesarskiej administracji. Karierę zaczął jako niższy urzędnik skarbowy na terenach Bosporu Kimeryjskiego. Prawdopodobnie pod koniec panowania Manuela I Komnena (1143–1180) został mianowany urzędnikiem podatkowym w PaflagoniiA. Simpson, Niketas Choniates..., s. 15., a kiedy we wrześniu 1183 roku do władzy doszedł Andronik I Komnen, Niketas pełnił urząd podsekretarza cesarskiego (basilikos hypogrammateus, βασιλικὸς ὑπογραμματεύς). W czasie rządów Andronika Niketas wycofał się ze służby w administracjiJego brat, Michał, twierdzi w swoim liście, że Niketas z własnej woli wycofał się ze służby w formie sprzeciwu przeciwko krwawym rządom tyrana Andronika: A. Simpson, Niketas Choniates..., s. 15., do której powrócił kiedy na tron bizantyjski we wrześniu 1185 roku wstąpił Izaak II Angelos. To za jego czasów Niketas zaczął sprawować urząd cesarskiego sekretarza (basilikos grammatikos, βασιλικὸς γραμματικός), a w międzyczasie miał także poświęcać czas na studia nad prawem. Od tego momentu, jego kariera postępowała już bardzo szybko, pełnił przede wszystkim urzędy związane z cesarskim aparatem sądowniczym i fiskalnym. Oprócz tego w 1189 roku objął urząd namiestnika temu Filippopolis.