Do 1939 Archiwum zebrało przeszło 4 tysiące nagrań na wałkach woskowych. Zbiór ten zaginął podczas wojny. mały|Grób Jadwigi i Mariana Sobieskich na cmentarzu Powązkowskim Sobieski lata okupacji spędził w Generalnym Gubernatorstwie, głównie w Warszawie i Lublinie. Wiosną 1945, współpracując z Markiem Kwiekiem, rozpoczął odtwarzanie Zakładu Muzykologii. W tym samym okresie kierował Niższą Szkołą Muzyczną w Poznaniu, a także prowadził pracę dydaktyczną w Średniej i Wyższej Szkole Muzycznej. Mimo tak licznych zajęć większość jego czasu pochłaniało odtworzenie zbioru nagrań muzyki ludowej. Jeszcze w 1945 roku został współzałożycielem Zachodniego Archiwum Fonograficznego, które od razu przystąpiło do nagrań na terenie Wielkopolski i Kaszub. Następnie, od 1949 roku, kierował Sekcją Muzyki Ludowej Państwowego Instytutu Badania Sztuki Ludowej, które zajmowało się nagraniami w terenie, audycjami radiowymi i publikacjami o polskiej muzyce ludowej. W latach 1950–1954 kierował ogólnopolską Akcją Zbierania Folkloru Muzycznego. Ekipy terenowe złożone ze studentów etnografii i muzykologii na terenie całego kraju zebrały w ciągu 4 lat około 46 tysięcy nagrań.