W trakcie sezonu 2002/2003 Brazylijczyk został wypożyczony do portugalskiej Benfiki. Tam stał się czołowym zawodnikiem i w rozgrywkach Superligi zdobył 3 gole, a lizboński klub został wicemistrzem Portugalii. Latem został wykupiony przez Benfikę za 11 milionów euro. W 2004 roku znów był z nią drugi w lidze, a w 2005 wywalczył swój pierwszy tytuł mistrza kraju w karierze. Natomiast w 2006 roku zakończył sezon na 3. miejscu w tabeli. Ogółem w barwach Benfiki rozegrał 108 meczów i strzelił 18 goli.
W 2006 roku Geovanni wrócił do Cruzeiro, pomimo ofert z takich klubów jak: Arsenal F.C., Everton F.C., RC Lens i Udinese Calcio. W tym samym roku wywalczył z Cruzeiro mistrzostwo stanu Minas Gerais. W Cruzeiro grał do 2007 roku, a w lipcu przebywał na testach w angielskim Portsmouth F.C. Jednak 17 lipca podpisał kontrakt z Manchesterem City. W Premier League zadebiutował 11 sierpnia w wygranym 2:0 meczu z West Ham United, w którym zdobył gola. Do końca sezonu 2007/2008 rozegrał 19 meczów i zdobył 3 gole.