Nie była ona jednak nigdy ściśle respektowana, a ponowny proces germanizacji rozpoczął się od samego początku istnienia Księstwa. Poparcie przez społeczeństwo polskie powstania listopadowego dało Prusom pretekst do likwidacji autonomii Księstwa. W 1831 zlikwidowano urząd księcia-namiestnika, podporządkowując Wielkie Księstwo mianowanemu z Berlina prezesowi naczelnemu. Proces odgórnej germanizacji uległ wówczas nasileniu, osiągając apogeum po zjednoczeniu Niemiec w 1871 r.
Formalnie autonomia przestała istnieć w 1848 r., gdy Frankfurckie Zgromadzenie Narodowe przemianowało Wielkie Księstwo Poznańskie na Prowincję Poznańską (aczkolwiek nie miało do tego prawa). Natomiast Wielkie Księstwo jako twór polityczny zniknęło, gdy w konstytucji Prus z 5 grudnia 1848 nie znalazł się zapis o jego istnieniu.