Po uzyskaniu niepodległości przez Litwę Zelkevičius został pierwszym powojennym selekcjonerem litewskiej drużyny narodowej. Tak jak wcześniej w Žalgirisie, Zelkevičius został zastąpiony przez Liubinskasa, by po trzech latach powrócić na stanowisko selekcjonera. Po raz trzeci Zelkevičius został trenerem litewskiej drużyny narodowej w 2001. Z kadrą Litwy nie osiągnął jednak żadnych sukcesów.
Jako trener klubowy przez kilka lat pracował w Rosji. Dwukrotnie, w 1997 i 1999 zaliczył spadek z ekstraklasy prowadząc odpowiednio KAMAZ Nabierieżnyje Czełny i Szynnik Jarosławl. W 2002 wywalczył awans do Pierwszego Dywizjonu (druga liga) z Bałtiką, którą prowadził równolegle z reprezentacją Litwy. Największe sukcesy odniósł jednak z łotewskim Liepājas Metalurgs - w 2005 zdobył mistrzostwo kraju przełamując zwycięską passę stołecznego Skonta.