Sprzeciwiał się również twierdzeniu Arystotelesa i Proklosa, że sfery niebieskie mają duszę.
Odrzucenie piątej esencji stanowi część ataku Filopona na wieczność świata. W starożytności poglądu Arystotelesa o wieczności wszechświata bronił Teofrast. Sprzeciwiali mu się Zenon i Epikur. Argument Epikura, o tym że byt, który ma zniszczalne części, sam musi być zniszczalny, powtarzali potem Lukrecjusz i Bazyli Wielki. Wśród myślicieli chrześcijańskich teorię ecyprōsis i skończoności świata głosili, oprócz Bazylego, Hipolit i Prokopiusz z Gazy. Filopon doszedł do tych samych wniosków na podstawie analizy ciał niebieskich. Wbrew Proklosowi twierdził, że nawet jeśli ruch gwiazd jest doskonały, to nie znaczy, że nigdy nie przestanie być doskonałym. Jak wszystkie rzeczy materialne w świecie, gwiazdy podlegają bowiem, co do swej mocy i trwania, woli Bożej.
Przeciw Arystotelesowi o próżni