W kwietniu 2019 r. Stowarzyszenie Szczecińskiego Obszaru Metropolitalnego przedstawiło sieć planowanych połączeń Szczecińskiej Kolei Metropolitalnej wraz z rozmieszczeniem planowanych przystanków. Pod koniec tego samego miesiąca na stację w Policach dostarczono pierwsze wagony z szynami przeznaczonymi do modernizacji linii kolejowej nr 406.
W grudniu 2020 r. Urząd Marszałkowski Województwa Zachodniopomorskiego podpisał ze spółką Polregio umowę na świadczenie w latach 2021–2030 przewozów kolejowych na terenie województwa, w tym systemu Szczecińskiej Kolei Metropolitalnej. mały|240px|Parking typu Park&Ride przy przyszłej stacji SKM Szczecin Cmentarz Centralny W związku z notowanym od 2019 opóźnieniem w realizacji inwestycji terminy zakończenia prac remontowych zostały przesunięte: do końca 2023 roku miały zostać zrealizowane linie do Gryfina, Goleniowa i Stargardu, z wyjątkiem stacji w Dąbiu i przystanku w Zdrojach. Natomiast prace na linii ze Szczecina Głównego do Polic miały zakończyć się do połowy 2025 roku.
I etap systemu, obejmujący połączenia między Szczecinem Głównym a Goleniowem, Stargardem i Gryficami, uruchomiono 10 marca 2024 r. II etap systemu, tj. wydłużenie połączeń do stacji Szczecin Niebuszewo i linii do stacji w Policach, mają ostatecznie nastąpić na przełomie lat 2025 i 2026.