Inni badacze wskazują, że powstał on w miejscu starszego drewnianego kościoła, wybudowanego przez pierwszych osadników.

Kształt romańskiego kościoła nie jest dokładnie znany. Wyniki badań archeologicznych pokazały, że kościół posiadał najprawdopodobniej trzy nawy – nawę główną i dwie nawy boczne nad którymi znajdowały się empory, oraz transept z wieżą wzniesioną przy jego północnym ramieniu. Według domniemań Ciszewskiej-Hohensee, kościół w tym czasie mógł także posiadać drugą wieżę, znajdującą się po przeciwnej stronie kościoła jednak hipoteza ta została podważona przez innych badaczy i do tej pory kwestia ta nie została rozstrzygnięta.

Budowa klasztoru Najstarszymi dokumentami źródłowymi dotyczącymi kościoła są księgi parafialne z początków XV wieku. Kościół był wtedy siedzibą jednej z największych parafii Polski średniowiecznej o powierzchni ok. 800 km². W latach 1434–1448 proboszczem parafii w Kłobucku był kronikarz dziejów Polski – Jan Długosz. W 1465 r. rozpoczęto rozbudowę kościoła, którą Długosz sfinansował. Rozbudowa trwała około 12 miesięcy, nieznany jest jej dokładny zasięg. 28 marca 1469 r., z powodu zaprószenia ognia przez jednego z kowali, Kłobuck prawie doszczętnie spłonął. Poważnie ucierpiał również kościół, który wymagał odbudowy.