Kościół został konsekrowany przez arcybiskupa Jana Očka z Vlašimia 4 maja 1371 r. w obecności cesarza Karola IV, jego żony Elżbiety Pomorskiej i syna Wacława IV Luksemburskiego. Styl gotycki zachowała do dzisiaj tylko charakterystyczna sylwetka kościoła (wysokie dzielone okna, wsporniki zewnętrzne, portal na ścianie południowej), która góruje nad okolicznymi budowlami.
W latach 1364–1374 kościół św. Idziego w okresie przedhusyckim był polem działania reformatorskiego kaznodziei mistrza Jana Milicza z Kromieryża. W 1420 został przejęty przez husyckie skrzydło konserwatywne – ultrakwistów. W latach 1437–1448 proboszczem był tu husycki teolog mistrz Jan z Příbrami. Około 1476 roku proboszczem był Michał Polak.
Dzień 28 czerwca 1432 zapisał się w historii kościoła św. Idziego pożarem wywołanym uderzeniem pioruna. Spaleniu uległ cały dach, a utrzymujący się 4 godziny silny ogień zniszczył nawet kościelne dzwony. W wieży prawej (południowej) wiszą trzy dzwony, z których największy „Idzi” ważący ok. 2800 kg po pożarze został ponownie odlany w 1437 r. przez praskiego ludwisarza Hieronima. Jest to najstarszy dzwon w Pradze. Dzwon „Dominik” pochodzi z XVII w., a dzwon „Maria” został odrestaurowany (ponownie odlany) dopiero w 1831 r.