Yamagiwa był honorowym członkiem American Cancer Research Association i Japońskiej Cesarskiej Akademii. W 1919 otrzymał medal Akademii za swoje prace nad karcynogenezą. Został też wyróżniony Nagrodą im. Sophie A. Nordhoff-Jung.
Pięciokrotnie przedstawiano jego nominację do Nagrody NoblaThe Nomination Database for the Nobel Prize in Physiology or Medicine, 1901-1951.
W 1897 został wysłany na Formozę, gdzie miał badać epidemię dżumy. Zachorował wtedy na gruźlicę płuc. Zmarł na zapalenie płuc w 1930 roku. Wybrane prace Wie wird das Wachstum des geimpften Teerkankroides (Stamm Fukuda) durch die nachfolgende Teerpinselung, beeinflusst? Proceedings of the Imperial Academy 4 (6), ss. 313-314 (1928)PDF Experimentelle Studie über die Antikörperbildung gegen das Impfkarzinom bei Maus. Proceedings of the Imperial Academy 3 (8), ss. 570-572 (1927) PDF Experimentelle Studie über die Resistenzsteigerung gegen Karzinom. Proceedings of the Imperial Academy, Vol. 2 (1926) No. 3 pp.142-143 PDF Experimentelle Studie über die Antikörperbildung