Prokopiusz z Cezarei oskarżył z kolei Teodorę o intrygę w celu zamordowania w 535 roku królowej ostrogockiej Amalasunty – zdaniem historyka obawiała się, aby ta nie zajęła jej miejsca u boku Justyniana, co zwiększyłoby jego szanse podboju Italii.
W okresie ciężkiej choroby Justyniana w 542 roku podczas wielkiej epidemii dżumy, Teodora sprawowała w jego zastępstwie faktyczne rządy. Nie wykorzystywała ich w celu zmiany polityki męża i rezygnacji ze starań o odbudowę cesarstwa na Zachodzie, które kosztowały prześladowaniami monofizytów. Doprowadziła jednak wówczas do oskarżenia o spisek Belizariusza i szykanowała go.
Teodora próbowała także wraz z Antoniną przeprowadzić intrygi mające zapewnić jej krewnym następstwo tronu. Już po małżeństwie z Justynianem zatroszczyła się o los wielu z nich. Siostra Komito poślubiła jednego z głównodowodzących armii, Sittasa, zaś własna córka Teodory poślubiła krewnego byłego cesarza Anastazjusza I. Wobec braku dzieci ze związku z Justynianem (prawdopodobnie z powodu choroby tego ostatniego w początkach ich małżeństwa) Teodora pragnęła zapewnić tron swojemu wnukowi Anastazjuszowi, który miał ożenić się z Janiną, córką Antoniny i Belizariusza, dziedziczką ich ogromnych bogactw.