Niemiec zażądał mianowicie od władz radzieckich natychmiastowego wywiązania się wobec misji polskiej z obowiązków wynikających z prawa międzynarodowego oraz uszanowania zwyczajów dyplomatycznych. Gdy Mołotow podtrzymywał swoje żądania w kwestii personelu ambasady ZSRR w Warszawie, Schulenburg zwrócił mu uwagę, że „uwolnienie” tych ludzi w najmniejszym już stopniu zależy od władz polskich, a potem dzięki swym kontaktom z Naczelnym Dowództwem Wehrmachtu spowodował ewakuację całego personelu radzieckiego (w liczbie 62 osób) poza obręb oblężonej Warszawy i przekazanie go, przez Królewiec, do ZSRR – co usunęło pretekst do dalszego przetrzymywania członków misji polskiej w Moskwie. Jest znamienne, iż przez prawie trzy tygodnie Schulenburg starał się jak najbardziej dopomóc Polakom w ewakuacji z ZSRR. W: Jerzy Łojek, Agresja 17 września 1939, Warszawa 1990, s. 75..

W czerwcu 1941 roku powrócił do Berlina. Po klęsce pod Stalingradem w styczniu 1943 roku przyłączył się do organizacji antynazistowskiej planującej usunięcie führera. Obiecano mu, że w nowym rządzie obejmie stanowisko ministra spraw zagranicznych.