W wodzie zwykle przeżywa krótko, m.in. ze względu na brak właściwego pożywienia i działanie promieniowania ultrafioletowego. W warunkach eksperymentalnych imitujących warunki spotykane w wodach powierzchniowych regionu Wielkich Jezior populacje Escherichia coli o małym zagęszczeniu zanikają w znaczącym stopniu po 6 godzinach, a o dużym zagęszczeniu – po dwóch dniach. W obecności mat tworzonych przez glony nitkowate (gałęzatkę), które wydzielają substancje organiczne, którymi może się pożywiać Escherichia coli, a ponadto zatrzymują część promieniowania, populacja Escherichia coli może przetrwać kilkakrotnie dłużej (od kilkunastu godzin do kilkunastu dni). Poszczególne osobniki mogą przetrwać dłużej. W temperaturze 18 °C około miesiąca, a w temperaturze 0 °C, jak również 37 °C, dwa miesiące lub dłużej. W glebie znajdowano osobniki po kilku latach bez dopływu odchodów zwierzęcych.